20 инструментов с открытым исходным кодом могут помочь найти лекарство от COVID-19

Правительства, ученые и исследовательские институты используют технологии и инновации для борьбы с COVID-19.

Были разработаны инструменты с открытым исходным кодом, и некоторые из них продолжают тестироваться, чтобы поддержать усилия, направленные на минимизацию последствий этого смертельного вируса.

Уже существует ряд инструментов с открытым исходным кодом, которые помогают исследователям больше узнать о болезни, выявлять распространение, предотвращать распространение и минимизировать дальнейшее распространение и смерть. В Экосистеме образования доступен ряд проектов, описывающих использование различных инструментов.

В этой статье рассматриваются некоторые инструменты и библиотеки с открытым исходным кодом, используемые для мониторинга, предотвращения и локализации, диагностики и лечения COVID-19.

Карта отслеживания COVID-19

В январе Центр системных наук и инженерии JHU запустил глобальную карту отслеживания COVID-19, которая быстро стала надежным международным источником данных о пандемии в режиме реального времени.

Карта имеет открытый исходный код и используется ведущими СМИ, небольшими организациями и местными органами власти для проведения исследований и визуализации.

DKSI-COVID-19-Гусеничный

DKSI-COVID-19-Crawler — один из первых проектов с открытым исходным кодом, разработанных для реагирования на COVID-19 в январе.

Разработчики использовали данные с сайта DKSI.cn, который китайские врачи используют для регистрации и отслеживания случаев заболевания. Они разработали веб-браузер, который собирал данные сайта и делал их доступными через API и хранилище данных. Код доступен на Github.

Комплект открытых данных

Комплект открытых данных (ODK) не является новым инструментом. Ранее он использовался во время вспышки лихорадки Эбола в Западной Африке в 2004 году и во время последней вспышки в Демократической Республике Конго в 2019 году.

В основном это помогает пользователям собирать, управлять и использовать данные для отслеживания контактов, стратегического картирования, поддержки принятия решений, информирования сообщества и управления делами.

Сообщество ODK еще больше расширило свое использование в ответ на COVID-19, сделав форму заявки доступной в своих приложениях. Форма была разработана в соответствии с протоколом Всемирной организации здравоохранения по расследованию случаев, отслеживанию и расследованию контактов.

Ведущие разработчики также предлагают бесплатную поддержку любой организации, внедрившей ODK в ответ на COVID-19.

Nexttrain

Nextstrain следит за эволюцией патогенов. Ранее он использовался для определения семейного анамнеза заболевания, что позволяло прогнозировать прогрессирование заболевания.

Он успешно использовался во время предыдущих эпидемий, таких как лихорадка Эбола. Благодаря генетическим данным Глобальной инициативы по обмену данными о гриппе (GISAID) Nectctrain используется для борьбы с COVID-19.

DHIS2

Вы, наверное, уже знаете DHIS2. Это крупнейшая в мире система управления медицинской информацией. Его используют более чем в 70 странах. В рамках реагирования на COVID-19 DHIS2 выпустила пакет цифровых данных, который ускоряет обнаружение инфекций, отчетность, эпиднадзор и лечение заболеваний.

Пакет цифровых данных DHIS2 использует стандартные метаданные, которые соответствуют определению случая COVID-19 ВОЗ и протоколу эпиднадзора, чтобы обеспечить быстрое развертывание и реагирование.

Пикобар Западная Ява

Индонезийский центр информации и координации по болезням и стихийным бедствиям — это центр реагирования на кризисные ситуации, созданный для смягчения последствий и реагирования на COVID-19 в провинции Западная Ява в Индонезии.

В рамках реагирования Jabar Digital Service разработала веб-инструмент и приложение с открытым исходным кодом, которые предоставляют пользователям доступ к последним данным о COVID-19.

OpenMRS

OpenMRS — это система ухода за пациентами, используемая во многих развивающихся странах мира. Благодаря гибкости системы OpenMRS страны с ограниченными ресурсами здравоохранения могут использовать ее для эпиднадзора, скрининга и лечения COVID-19.

Система может помочь им расширить свои возможности, предоставив им доступ к научно обоснованной информации о том, как справиться с кризисом.

OpenLMIS

Проект OpenLMIS использует тактику сообщества для разработки настраиваемой информационной системы управления логистикой с открытым исходным кодом. Система OpenLMIS стремится повысить точность данных, повысить подотчетность, улучшить своевременность и наглядность данных.

Система OpenLMIS направлена ​​​​на улучшение цепочек поставок в сфере здравоохранения, инвентаризацию медицинских ресурсов, чтобы предоставить четкое представление о доступных медицинских материалах, включая тестовые наборы и СИЗ (средства индивидуальной защиты). Этот инструмент можно эффективно использовать для поддержки лиц, принимающих решения, в распределении ресурсов в ответ на COVID-19.

Сайты здоровья

Global Healthcare Site Mapping Project — это проект, целью которого является картографирование всех медицинских учреждений в мире и обеспечение легкого доступа к подробной информации о каждой больнице. Данные о медицинском учреждении доступны через API.

В сотрудничестве с пользователями команда healthsites.io записывает и проверяет местонахождение и контактную информацию каждого медицинского учреждения и делает данные бесплатными и доступными через лицензию на открытые данные.

СОРМАС

SORMAS (Система управления и анализа эпиднадзора) — это мобильная система электронного здравоохранения с открытым исходным кодом. Ему было поручено осуществлять контроль за болезнями, а также процедуры борьбы с эпидемиями.

Он был эффективно развернут в нескольких странах, включая Гану, Нигерию, Непал и Фиджи, для эпиднадзора и раннего выявления COVID-19.

SORMAS — это бесплатная система с открытым исходным кодом, соответствующая стандартам защиты данных.

Токио COVID-19

В отличие от многих других городов и правительств, столичное правительство Токио разработало веб-сайт с открытым исходным кодом, чтобы информировать своих жителей о COVID-19. Сделав его открытым исходным кодом, сайт увидел сообщения от более чем 200 пользователей. Три других города, Тиба, Нагано и Фукуока, воссоздали веб-сайт.

ОпенЭЛИС

Целью системы OpenELIS Health System является продвижение здравоохранения путем предоставления прогрессивной, основанной на стандартах системы управления лабораторной информацией, которую можно использовать в различных инициативах в области здравоохранения для улучшения вариантов лечения.

Эпидемия COVID-19 представляет собой глобальную проблему для отслеживания контактов и массового тестирования подозрительных случаев. Система OpenELIS может эффективно применяться в борьбе с COVID-19 для облегчения отслеживания лабораторных анализов и результатов.

Справочник по общественному здравоохранению представляет собой набор инструментов с открытым исходным кодом и ресурсов с открытым доступом, предназначенных для создания и развертывания цифровых инструментов для использования в инициативах общественного здравоохранения в труднодоступных районах.

Сообщество разработчиков Community Health Toolkit мобилизовано для разработки инструментов и ресурсов, направленных на поддержку местных медицинских работников в борьбе с COVID-19.

ЗВОНОК

Модель воздействия больниц COVID-19 на эпидемии (CHIME) — это приложение с открытым исходным кодом, разработанное специалистами по данным из Пенсильванского университета медицины. Это онлайн-инструмент, который позволяет больницам прогнозировать воздействие вируса на ресурсы здравоохранения.

Он разработан с использованием Python и зависит от панд с открытым исходным кодом.

Карта ухода за COVID

Карта COVID Care помогает отображать уже существующие ресурсы здравоохранения и прогнозировать нехватку больничных коек, аппаратов ИВЛ, предметов медицинского назначения и персонала. Все методы, инструменты обработки данных, визуализации и исходный код бесплатны и имеют открытый исходный код.

Проект COVID Care Map направлен на то, чтобы предвидеть и действовать, чтобы мобилизовать поддержку для эффективного лечения быстро растущего числа инфекций COVID-19 и тех, кто нуждается в интенсивной терапии.

Locale.ai

Locale.ai разработал интерактивную визуализацию с открытым исходным кодом всех подтвержденных случаев COVID-19 во всем мире. Он изучает набор данных с открытым исходным кодом из Университета Джона Хопкинса.

Locale.ai разработал веб-сайт для визуализации COVID-19 с использованием Vue.js — популярной платформы, позволяющей разработчикам создавать современные веб-приложения.

COVID-19 по всему миру

Это приложение использует визуализацию карты для отслеживания распространения COVID-19, подтвержденных случаев и развития болезни по всему миру. Использует данные CSSE Джона Хопкинса.

Мониторинг короновируса

Это отличное приложение, разработанное Джоном Коэном. Отслеживает распространение COVID-19, используя данные Johns Hopkins, DKSI и Weakin. Приложение показывает количество подозреваемых, подтвержденных и выздоровевших случаев по времени и региону. Код доступен на Github.

Глобальные случаи COVID-19

Global Cases of COVID-19 — это приложение Shiny, разработанное Кристофом Шёненбергером, которое показывает развитие COVID-19 на карте, графиках, сводных таблицах и рисунках. Его код доступен на Github.

Правительства и COVID-19

Это блестящее приложение, разработанное Себастьяном Энгель-Вольфом. Он отображает экспоненциальный рост COVID-19, количество дней, в течение которых число инфекций удваивается, подтвержденные случаи, уровень смертности и количество подтвержденных случаев на 100 000 человек в разных регионах. Код доступен на Github.

Концовка

Сообщество открытого исходного кода быстро и эффективно отреагировало на пандемию COVID-19. Многие проекты были построены и продолжают строиться для борьбы с распространением болезней. В этой статье описаны некоторые проекты. По-прежнему неясно, как болезнь будет прогрессировать в ближайшие недели. Больше проектов, которые могут использовать преимущества существующих технологий с открытым исходным кодом, найдут место в борьбе с этой смертельной болезнью.

Остерегаться!

Статья доктора. Майкл Дж. Гарбэйд, генеральный директор, Образовательная экосистема